水资源与防洪研究所以培养富有杰出理论和创新精神的精英人才为宗旨，学生培养实行课题驱动培养模式，课题负责人与导师双重负责制（团队培养），学生可以根据研究所的课题，选择自己感兴趣的研究领域，为培养优秀研究生、充分发挥学生个性、发掘学生潜能提供优越的平台。

为扩大研究生对外合作与交流，拓宽研究生视野，现有多名研究生与中国水利水电科学研究院以及国外大学实行联合培养，优秀的博士生可以申请在国外大学进行1-2年的科学研究。

在研究生培养中，已经毕业的70余名博士，100余名硕士在各自岗位中发挥了重要作用，得到用人单位的一致好评（中国水规总院、国家防办、中国水科院、辽宁省水科院、浙江省水利河口研究院、各高校，等等)。